Năm 1995, Linda được chẩn đoán ung thư vú đã di căn vào gan[38]. Paul nói những lời cuối về cô: "Em thật đẹp trên chú ngựa Appaloosa. Đó là một ngày mùa xuân, và chúng ta đi dạo trong rừng. Những cây chuông xanh đã nở hoa, và bầu trời thì xanh ngắt." Linda qua đời ngày 12 tháng 4 năm 1998 tại nhà riêng của mình ở Tucson, Arizona. Cô được hỏa thiêu và tro của cô được rải trong trang trại của McCartney ở Sussex[39]. Paul nói với người hâm mộ rằng hãy nhớ tới Linda bằng việc tích cực ủng hộ nghiên cứu chống ung thư vú song không bằng cách thí nghiệm trên động vật. Một lễ truy điệu nhỏ cho Linda được tổ chức ở St. Martin-in-the-Fields ở London với sự có mặt của 700 khách mời trong đó có George Harrison, Ringo Starr, Elton John và Peter Gabriel[40]. Một lễ truy điệu khác được tổ chức ở Riverside Church, Manhattan 2 tháng sau cái chết của cô[41].

Nói về việc điều trị chống ung thư của Linda, Paul phát biểu: "Nếu thuốc được chỉ định dùng cho con người thì thực ra nó đã được hợp pháp hóa qua việc thí nghiệm với động vật... Thật khó khăn cho Linda khi cô ấy hiểu điều đó trong suốt quá trình điều trị."[42] Anh cũng nói rằng chưa bao giờ anh chắc chắn liệu thuốc Linda dùng đã từng bị thí nghiệm trên động vật chưa: "Trong suốt thời gian đó, một câu trả lời tốt là khi bác sĩ nói "Ok, nó chưa từng được thử trên động vật" và người ta buộc phải biết tin lời của họ."[42] Linda nhượng lại toàn bộ tài sản cá nhân cho chồng qua một quỹ tín dụng có tên Qualified Domestic Trust[43][44]. Qua đó, Paul có được quyền sở hữu của mọi sách, thu âm, quyên góp, hay quyền lợi tài chính từ sự nghiệp nhiếp ảnh của vợ mình[45]. Paul cũng khẳng định sẽ tiếp tục việc ăn chay của mình, cùng với đó là ủng hộ việc sản xuất thực phẩm qua công nghệ sinh học[46].

Bộ phim hoạt hình Wide Prairie của đạo diễn Oscar Grillo được công chiếu tại Liên hoan phim quốc tế Edinburg vào ngày 19 tháng 8 năm 1998. Bộ phim được trình chiếu trước bộ phim The Horse Whisperer của ngôi sao Robert Redford[47][48]. Ngày 10 tháng 4 năm 1999, McCartney tổ chức "Concert for Linda" ở Royal Albert Hall với sự tham gia của George Michael, The Pretenders, Elvis Costello và Tom Jones[49]. Tháng 1 năm 2000, ông quyên góp tới 2 triệu USD cho Trung tâm nghiên cứu ung thư Sloan-Kettering ở New York và Trung tâm nghiên cứu ung thư ở Tucson[50]. Năm 2000, trung tâm nghiên cứu ung thư của đại học Y Liverpool được mang tên Linda McCartney. Tháng 11 năm 2002, quỹ Linda McCartney Kintyre Memorial Trust mở một khu vườn tưởng niệm ở Campbeltown – thị trấn của tỉnh Kintyre – với bức tượng Linda tạc bởi Jane Robbins, anh họ của McCartney[5][51].